Haie stehen im Nahrungsnetz als Jäger sehr weit oben und sind damit eine Schlüsselart (Keystone-Species). Demnach sind sie ausschlaggebend für den Erhalt verschiedener Ökosysteme.

Im Korallenriff

Hai im KorallenriffDie Komplexität eines Korallenriffes und Wechselwirkungen von Organismen lässt sich kaum in realistischen Modellen zusammenfassen. Ungefähr lässt sich das System jedoch in vier trophische Ebenen unterteilen: Große Jäger, kleine Jäger, Pflanzenfresser und Korallen/Schwämme (und als Konkurrenz zu diesen Algen). Werden nun die großen Jäger, also vor allem Riffhaie, aus dem Ökosystem entfernt, verringert dies den Prädationsstress von kleineren Jagdfischen, was sich negativ für die pflanzenfressenden Fische auswirkt. Daraus folgt eine Konkurrenzstruktur von Algen und Korallen, bei denen Algen ohne Fraßdruck immer gewinnen werden. Zusammengefasst führt eine Entnahme von Haien in einem Korallenriff also dazu, dass die Korallen absterben und somit zu einem Zusammenbruch des Ökosystems.

Da hier in Diskussionen immer wieder erwähnt wird, dass sich die Fischerei dann auf die kleineren Jagdfische konzentrieren könnte, soll dieser Ansatz hier auch Erwähnung finden:
Um diesem Ansatz gerecht zu werden müssten auch korallenfressende Fische aus dem System genommen werden. Ein Ökosystem mit wenig Arten ist jedoch nicht sehr stabil gegenüber Störungen. „Fishing-Down-The-Foodweb“ führt also langfristig auch zu einem Zusammenbruch anderer trophischer Ebenen.

Im Ozean

Hai im OzeanIm Ozean werden die beiden untersten tropischen Ebenen durch Zoo- und Phytoplankton gebildet. Je nach Ökosystem kann die Minimierung von Haien oder auch Rochen hier zu maximaler oder minimaler Abundanz von Algenarten führen. Beides hat schwere Auswirkungen für das Ökosystem Erde. Kommen Algen in zu hoher Abundanz vor, so führt dies dazu, dass sich giftige Algenblüten bilden können und/oder sogenannte Sauerstoffminimumzonen entstehen. Während Algen normalerweise Sauerstoff produzieren (siehe unten) verbrauchen sie diesen nachts bei der sogenannten Dunkelreaktion wieder, was bei zu hohen Biomassen zum Verbrauch von Sauerstoff umkippt. Dieser Effekt ist im Sommer in vielen Seen zu beobachten. Unter normalen Umständen produzieren Algen weit über die Hälfte des Sauerstoffs in der Atmosphäre, wodurch eine geringe Menge an Phytoplankton dazu führen kann, dass dem Menschen kein Sauerstoff zu atmen bleibt. Hieraus lässt sich ableiten, warum die Ausrottung von Haiarten eine der größten ökologischen Zeitbomben unserer Zeit darstellt.